虾苗生病应该是病原、机体和环境三者互相作用的结果。例如如果环境较好，机体的抵抗力也较强，那么即使有病原危害，很有可能也不会造成太大影响。如果机体处于不是很健康的状态，例如有机械损伤，那么病原就会趁虚而入 ，导致疾病的发生。
疾病有生物性疾病和非生物性疾病之分
生物性疾病主要包括细菌病、原生动物性疾病、真菌病、病毒病、其它疾病。
非生物性疾病则包括营养不良、水体环境异常等引起的疾病。

主要是微孢子虫病、水体中的一些非寄生类原生动物、固着类纤毛虫病等等。
一、微孢子虫病能使虾幼体肌肉变白浑浊，不透明。但病毒性疾病、细菌性疾病和肌肉坏死病都可能有类似症状，因此要镜检才能确诊，主要以预防为主。
二、非寄生类原生动物
此类原生动物主要的危害在于抢夺虾苗的饵料，因为在原生动物多的池中水色明显较清。
但怀疑此类原生动物也能分泌一些毒素使虾苗产生应激而在体表分泌粘液，易挂脏，因为挂脏时多可见原生动物数量很多。
此类原生动物可能来源于幼体，也可能来源于海水，处理水无法将此类原生动物的软除掉（一次观察刚放的幼体时在400倍镜下发现类似于原生动物软的物体。此外，藻类也可能是此类原生动物的饵料，抽的藻中也可能是此类原生动物的来源之一。
发现此类原生动物较多的话最好适当增加投饵量，用黑粒等调控水色。可以的话使用浓缩藻。
三、固着类纤毛虫病
主要是聚缩虫、钟形虫等一类纤毛虫。它们是以细菌或者有机碎屑为食，并不侵入机体，因此不是寄生虫，只是共栖生物，当数量不多时，危害并不严重，蜕壳后就可以除掉，但当数量很多时就有很大危害。它们寄生在体表，有时与其它原生动物和丝状细菌一起，对宿主造成严重危害。患病的幼体游动缓慢，摄食能力降低，生长发育停止，不能蜕皮，就更促进了固着类纤毛虫的附着和繁殖，结果引起宿主的大量死亡。此病在蚤状期很少发生，但一旦发生危害也最大；在M期较容易发病，尤其是投饵过量时更易发病，也有较大危害，如果不是特别严重，一般变仔虾后就可恢复；仔虾期也较易发病，危害相对较小。
此病在有机质较多的池中易发生。
其来源主要有
1）、蓄水池中清理不善的话池内的浒苔和礁膜等绿藻上往往附有大量固着类纤毛虫，进水时即使用120目的网绢过滤也不能阻止其幼虫通过。
2）、再投喂丰年虫幼虫时，在卤虫孵化期间往往在死软的软膜上产生大量的钟形虫或聚缩虫，若处理不善，带入育苗池就会引起疾病，如果在4摄氏度下用氢氧化钠和次氯酸钠去壳可以完全杀死壳表面的病原生物。
当聚缩虫非常严重，在变仔虾后仍然是非常多时，可以采取搬池的措施，注意搬池时尽量不要使用原来的池水。进水时应当用棉花和棉袋过滤。

一、挂脏/缚脚（粘污）
总的原因是幼体感染病原, 活力减弱, 引起粘污或因环境变化, 使幼体产生应激反应, 体表分泌粘液, 引起粘污。致死原因主要是初始时摄食能力减弱, 营养不良, 继而生长发育受阻, 不能蜕皮变态, 使脏物越积越多, 最终将口器堵塞使幼体因无法摄食而饥饿致死。
具体的原因有（1）：无节幼体先天不足无节幼体本身质量差, 活力弱,附肢划动无力, 因而刚毛和尾棘易挂脏。变态发育成搔状幼体后, 也会因活力差而挂脏。（2）池中原生动物大量繁殖, 代谢产物毒害南美白对虾幼体, 引起其产生应激反应, 分泌过多的粘液。从检查的情况来看, 凡是发生糠虾粘污的育苗池, 原生动物都很多, 镜检时视野内原生动物密密麻麻,东钻西窜。（3）投饵不当，尤其是蚤状期藻投喂过量, 引起部分藻类死亡，或因人工饵料投喂不当, 造成水质恶化, 水质酸性偏大。池水氧化性或还原性过强, 使池水中的可溶性物质及饵料结块, 池水变清。（4）幼体感染病原生物, 活力下降。患细菌性疾病如菌血病和弧菌病、真菌病、固着类纤毛虫病等, 都会引起幼体不同程度地粘污。
引起粘污的原因很多，应当镜检做进一步的诊断。
二、畸形
引起幼体畸形的原因主要有重金属、温度、幼体运输或者放的时候的操作引起的机械损伤等。一般放无节幼体时观察，幼体的畸形率不能超过20%。
畸形主要发生在无节幼体和蚤状幼体阶段。其症状是附肢及尾部刚毛弯曲、萎缩或残缺不全，生病幼体游动不活泼，或下沉水底。但除了刚毛的变形以外，蚤状幼体的腹部也弯曲变形。患病幼体一般不能继续发育，在蜕皮时发生死亡。
防治一般使用EDTA，用量视水体的重金属含量而定。

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